Siguiendo la tradición familiar, Isaac ingresó en la Armada en 1866 y allí adquirió una amplia formación técnica que le permitió alcanzar diversos cargos en el Observatorio Astronómico de San Fernando, la Comisión Hidrográfica y la nueva Escuela de la Armada, donde fue profesor de Física y Química.
El 8 de septiembre de 1888, con una eslora de 21 metros, el submarino de Isaac Peral fue botado en La Carraca, un centro militar para la construcción y reparación de buques en San Fernando. Pero las pruebas oficiales no empezaron hasta febrero de 1889. El 7 de agosto de 1889, el submarino permaneció una hora en inmersión en alta mar, y, días después, Peral decidió hacer una prueba de disparo. Con el submarino sumergido decidió disparar a unas rocas que se encontraban a 300 metros de distancia y, como guiado por un imán, el torpedo dio en el blanco.
En 1890, el submarino de Peral fue capaz de navegar nueve kilómetros a diez metros de profundidad, el 18 de agosto de 1890, y aunque los informes por parte de la Junta de Valoración fueron buenos, el beneplácito para mejorar el prototipo por parte de la Armada y del Gobierno español nunca llegó.
